一応、精神科領域の病気に分類されていますので、精神科医が数回の面談の中で、現病歴、生育歴を詳細に聴取し、GenderとSexの不一致を確認し、統合失調症、人格障害ではないことを明らかにした上で診断します。
他科の医師でも（もちろん当事者本人でも）診断できますが、対外的な権威という点では精神科医師の診断に劣るのかもしれません。
精神神経学会の治療指針（いわゆるガイドライン）では、二人の精神科医の診断の一致をもって確定診断とするようですが、二人目の精神科医が一人目の精神科医の診断にケチをつけることはまずありませんので、診断医を二人としたことには、責任の分散以外に意味はないと考えます。

性同一性障害を「自分で診断できて自分で治療法を選択できる唯一の病気」と云う医師もいます。当事者にとっては医師の診断など大きなお世話というところかもしれません。